Den MBR kann man relativ einfach in der Kommandozeile überschreiben. Dazu ein komplettes entfernen sämtlicher Partitionen (und klarerweise anschließendem neu Partitionieren und dann formatieren) sollte eigentlich ziemlich alles killen, was sich auf einer Festplatte so befinden könnte.
Der Nachteil ist halt, dass "ziemlich alles" auch wirklich absolut alles heißt. Was mit ein Grund für Backups ist. Regelmäßig auf nen unabhängigen Datenträger sichern, so dass der "Verlust" der eingebauten Festplatte nicht schwerwiegend ist.
Festplatten können nunmal einfach aus div. Gründen kaputt gehen, ohne dass man etwas dafür könnte. Sind halt recht empfindliche Teile. Man kann sich auch nen Virus einfangen, man kann versehentlich was löschen, man kann versehentlich den PC umwerfen, während er läuft..... Gibt zig Möglichkeiten, wie man seine Daten verlieren kann. Und drum rät jeder zu Backups auf einem separaten Datenträger, der im Normalfall auch nicht an den Computer angeschlossen ist bzw. nicht läuft. Ne externe USB Festplatte z.B.
Ich hab ne normale Festplatte in ein externes Gehäuse geschraubt, welches über eSATA verbunden werden kann und einen Ein / Aus Schalter hat. Außerdem hängt sie normalerweise nicht am Strom. Brauch ich sie, wird der Stromstecker eingestöpselt, der Schalter umgelegt und ich kann mein Zeug kopieren. Ists fertig kopiert -> Schalter aus, vom Strom trennen, done. Einstellungen etc. werden so halt nicht gespeichert, das brauch ich allerdings auch nicht. Mir reicht das Sichern meiner Dateien (Fotos, Musik etc.).