eventuell die Mails beim Pop3 Abruf vom Server gelöscht (i.d.R. default einstellung). Dann sieht Thunderbird diese auch nicht mehr.
Nehme ich auch an. Du kannst ja mal auf der Konsole mit mv ~/.thunderbird ~/.thunderbird.bak versuchen. Damit hast du dann ein neues profil und kannst schauen, ob die mails noch da sind, wenn nicht, dann sind die auch vom server weg. Wobei es auch reicht, mal via webmail direkt auf dem server zu schauen, ob die noch da sind.